Une année s'est écoulée depuis que Yûgi a battu Atem dans le duel ultime pour permettre à son alter-égo de reposer en paix et retrouver le monde des esprits. Le jeune garçon poursuit ses études au lycée en compagnie de Bakura, Joey, Tristan et Téa, puis chacun d'eux parle de leur rêve respectif. En classe, le quintet fait ensuite la connaissance d'un nouvel élève: Aigami.