Durant la paix après le Duel Ultime entre Yugi Muto et le Pharaon Atem, Seto Kaiba cherche à ressusciter le pharaon pour qu'il puisse réclamer sa fierté volée. Pendant ce temps, un nouvel ennemi qui possède un pouvoir mystique cherche à empêcher le retour du pharaon au monde, peu importe le coût.