En 1949, deux ans après les événements de Godzilla Minus One, le Japon tente difficilement de se reconstruire et de retrouver une vie normale. Alors que le pays commence enfin à retrouver espoir, une nouvelle menace surgit et vient tout bouleverser.

La famille Shikishima se retrouve une nouvelle fois confrontée à Godzilla, plus terrifiant que jamais. Face à cette nouvelle catastrophe, survivants, soldats et vétérans devront unir leurs forces pour tenter de sauver un Japon déjà marqué par la guerre.

Cette fois, il n’y aura pas de seconde chance.